操作不當會影響石磨面粉機械加工效果， 石磨面粉機械在不同的操作方式下加工出來的面粉不一樣，這是篩網(wǎng)的問題，篩網(wǎng)多面粉細，篩網(wǎng)少則面粉比較粗。另外，如果對輥空隙大，則加工的面粉顆粒大一些，香味較濃，是原生態(tài)面粉的一種；如果對輥空隙小，加工的面粉顆粒小，且有一些營養(yǎng)物質在機械力的作用下和高溫的作用消失了，如胡蘿卜素等。
    石磨面粉機械在低速、低溫的狀態(tài)下加工出來的面粉營養(yǎng)價值更高一些，缺點是效率低，加工同樣數(shù)量的面粉，需要的時間更長一些，耗電量也更多一些。面粉機在面粉機械里算是低速加工機械，糧食顆粒在低速狀態(tài)下的營養(yǎng)物質能夠得到全部保留，不會因為受熱而影響面粉顆粒的結構，所以，石磨面粉機做出來的面粉好吃，保留了糧食中最原生態(tài)的營養(yǎng)成份與味道。
    石磨面粉機械加工出來的面粉好吃不僅與它的低轉速有關，還與加工設備的碾磨配件緊密有關。在現(xiàn)代方法加工面粉的時候小麥的種皮是要去掉的，去掉種皮以后，只加工麥仁，這樣加工出來的面粉非常白，但是，在味道上卻不如傳統(tǒng)加工的面粉好。石磨面粉機械采取在低速、低溫下，加工出來的面粉就是傳統(tǒng)面粉，而面粉機在高溫、高速下加工的面粉就是現(xiàn)代面粉，雖然效率高，但是在營養(yǎng)上不如前者好。